一、经营原则

1、经营方针

按照保护区的自身规律合理经营管理，使保护区经营能够可持续发展，以便保护区多种功能和多种效益能够充分发挥，全面保护自然保护区的自然环境，保护动植物资源，积极开展科学研究，为国家、地方和人类造福的方针。

2、经营目标

根据保护生物学的原理，采取切实可行措施保护以水杉等珍稀濒危物种为主的各种动植物资源及其赖以生存的生态环境；充分发挥水杉在世界学术的重大影响，与国际、国内有关组织密切合作积极开展科学研究，探索动植物种类的生态习性及其自然生态环境的相互关系；利用生物多样性资源优势，开展多种经营，不断增强保护区的自给能力；充分发挥保护区的多种效能，为社会提供服务，逐步把保护区建设成为永久性和可持续发展的自然保护区管理实体。

3、经营原则

以保护核心区内国家重点保护的珍稀濒危野生动植物种类，及其赖以生存和发展的原生森林生态系统构成的生态环境为主；遵循自然规律，在维持原始自然状态的前提下，根据天然林恢复的规划，全面恢复境内已被破坏的森林植被的生境，采取人工和人工促进天然更新的方式，大力拯救濒于来绝和极为稀有的生物物种，扩大其种群数量，使之逐步具有繁衍能力，维护生态平衡和可持续发展。

4、经营任务

贯彻执行国家和地方关于自然保护区和环境保护的方针、政策和法规，广泛开展政策法规和科普的宣传教育活动对水杉等国家重点保护的物种要加大宣传的力度，使全社会对自然保护区事业的认识有裨性的提高。采取有效措施保护珍稀濒危物种，进行生物多样性的科学研究，积极开展多种经营，充分重视社区的经济发展，使保护区和社区共同发展。

二、保护区区划

根据自然环境和生物多样性资源情况将保护区规划为东片和西片，西欧国家片为原小河水杉保护点及福宝山一带，东片为原星斗山省级自然保护区及周围地区，每一片划分为核心区、缓冲区、实验区。

1、核心区

核心区分为东片和西片，总面积为21165平方公里占保护区总面积的30.97%，其中，西部小河片核心区面积为11045平方公里。核心区以水杉群落的主要栖息地和分布地为中心，完整地保存了水杉植被垂直分布的原始次生林。重斗山片即东片核心面积为10120平方公里，占东片保护区总面积的 23.77%。核心区以珙桐、秃杉等群落的主要栖息地和分布地点为中心，完整地保存了原星斗省级自然保护区核心区的部分。

2、缓冲区

核心区外围地区，面积为14932平方公里,占保护区总面积的21.85%。其中，小河片即西片缓冲区面积为8321平方公时里，占西片保护区总面积的32.29%。星斗山片即缓冲区面积为6611平方公里，占东片保护区总面积的15.53%。

3、实验区

主要位于缓冲区外围，面积为32242平方公里，占总面积的47.18%。其中，小河片即西片缓冲区面积为6402平方公里，占西片保护区总面积的 24.84%。星斗山片即缓冲区面积为25840平方公里，占东片保护区总面积的15.53%。根据资源特点、科学价值和自然条件分为5个功能分区（小区）：①多种经营分区；②森林植被恢复分区；③经济林培育分区；④珍稀濒危树种繁殖栽培分区；⑤生态旅游分区。

三、科学管理体系

根据保护区的实际状况和国家对保护区的要求，建立资源保护、科学研究、生产经营和行政管理四大管理体系。

1、资源保护管理体系

保护好野生动植物资源及其赖以生存的生态环境是保护区（点）的首要任务。该项工作由管理局局长亲自负责实施管理，保护室和防火办公室具体检查、落实、督促。保护区衽局、站、点三级管理系统。

2、科学研究管理体系

保护区的科技人员积极开展科学研究活动，积极与国内外科学研究机构、大专院校合作，对水杉，秃杉，珙桐等珍稀濒危物种从分子水平到生态系统进行了深入研究。保护区有一位副局长分工负责。

3、生产经营管理体系

管理局下设社区生产经营办公室，负责组织社区生产、经销、加工、商业、饮食服务等。

4、行政管理体系

在省、州林业局的指导下，贯彻执行党和政府的方针、路线和政策，根据上级主管和业务部门的工作要求，结合保护区的实际，制定保护区长远发展规划和年度工作计划，并组织制定各项规章、制度和改革方案采取切实可行措施予以实施同时加强对干部职工思想教育、理论和业务学习解决职工实际困难，抓好职工福利待遇等。保护区由一位副局长主管行政管理工作。